在液相制备柱的出口处放置一个收集瓶或容器，以便接收从柱中流出的液体。这个方法适用于大多数实验室应用，特别是对于小规模的试验。

液相制备柱有多种操作方法，包括常规重力流动、压力驱动流动和逆相色谱法等。不同的方法适用于不同的分离工作，并且具有各自的优点和局限性。因此，探索并熟练掌握不同的操作方法可以提高柱子的使用效率和分离精度。

快速液相色谱柱使用完成之后须使用相宜溶剂进行清洁处理，例如ODS柱宜用甲醇冲洗至基线平衡；当采用盐缓冲溶液作流动相时，使用完后应用无盐流动相冲洗

影响快速液相色谱柱寿命的因素很多，除流动相和样品因素外，还有其它一些外在因素，如柱压的影响，温度的影响，色谱柱的正确冲洗，色谱柱的正确安装等。

核壳色谱柱的填料，一般是由内部的实心球(其材质以及形成方式与厂家有关、不同厂家，其技术存在不同)以及包裹在实心球上的多孔型硅胶或杂化颗粒型硅胶组成。