快速液相色谱柱使用完成之后须使用相宜溶剂进行清洁处理，例如ODS柱宜用甲醇冲洗至基线平衡；当采用盐缓冲溶液作流动相时，使用完后应用无盐流动相冲洗

影响快速液相色谱柱寿命的因素很多，除流动相和样品因素外，还有其它一些外在因素，如柱压的影响，温度的影响，色谱柱的正确冲洗，色谱柱的正确安装等。

核壳色谱柱的填料，一般是由内部的实心球(其材质以及形成方式与厂家有关、不同厂家，其技术存在不同)以及包裹在实心球上的多孔型硅胶或杂化颗粒型硅胶组成。

在日常分离分析工作中，快速液相色谱柱的使用和维护十分重要，色谱柱使用是否得当，直接影响色谱柱的寿命，稍有不慎就会降低柱效、缩短使用寿命甚至损坏。